水上車輛基地工程為嘉義市區鐵路高架化計畫的主要工程之一，自113年6月開工，其中基地聯外道路預訂於114年9月通車啟用，除強化基地周遭農路之交通聯繫外，並可將進出嘉義縣水上鄉之人、車，分流至北端之柳林平交道，有助改善水上鄉交通樞紐－中興路平交道之壅塞情形，未來可連接新設之北回歸線車站，進一步提升當地交通便利性。

水上車輛基地位置座落於嘉義縣水上鄉，距嘉義車站南方約5公里，自柳林平交道以南開始佈設於縱貫線東側。基地面積約 22.25 公頃，基地內除規劃臺鐵營運所需之建築物、軌道區等必要設施外，還特別規劃了國土保育區，並建造花園漫步道、森林停車場、活動綠帶和生態綠地，且保留了6.8公頃的土地，以生態工程方式設置4處滯洪池，種植水生植物、濱水植物及耐溼性常綠灌木，周邊則種植具誘鳥誘蝶之台灣原生種喬木、灌木、草花，營造適合生物棲息的環境，種植約1,200棵喬木，未來將成為植物豐富供動物們玩耍的秘密花園，並於豪雨期間可提供蓄水，以強化減災之效用。

沿水上車輛基地東側規劃新闢路寬8公尺之聯外道路及1.5公尺寬之人行步道，並新設農田水利灌排溝渠，連接既有灌排系統，聯外道路北端銜接至嘉42-1道路與台1線省道，南端與水上鄉新進街銜接，距臺鐵水上站約450公尺，該聯外道路取代原4公尺寬之農路，提供周邊居民及車輛通行。