為因應地方改善鐵路平交道及沿線都市環境之需要，使地方政府在國土計畫及整體都市發展指導下，所提出之改善方案能具備必要性與整合性，交通部於107年2月21日修正頒布「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」，以使國家資源能合理有效運用，並降低對鐵路營運機構之營運衝擊。地方政府如有鐵路立體化之需求，則須依該要點提出可行性研究並循序審議。
就張教授提出之4項疑慮，交通部回應說明如下：
一、「制度設計權責不符」疑慮：對於地方負擔金額部分，地方政府除須依據行政院「中央對直轄市及縣(市)政府補助辦法」規定負擔一定比例之非自償經費外，亦須估算周邊土地開發淨效益、可挹注本計畫之經費、增額稅收、增額容積或其他效益金額，並應將都市計畫變更後無償取得之回饋效益，一併計入地方配合款，並且地方議會也需要出具同意函，同意地方政府負擔經費未如期到位，中央得自地方政府當年度或以後年度之計畫型補助款先行扣抵或支付。
二、「財務計畫編列不合理」及「計畫效益以不確定的土地開發效益為主」疑慮：對於地方政府所提土地開發計畫是否可行，交通部於審查時依個案協請內政部共同檢討各項都市發展區位規模是否合理可行，且交通部於審查階段均邀請財主單位就財務計畫詳予審視。
三、「臺鐵營運與財務雪上加霜」疑慮：地方政府評估時須提出鐵路立體化工程對鐵路營運之衝擊分析與解決配套措施，計畫應以不降低原有路線容量、站間路線利用率及行車速率為原則，該項目須經鐵路營運機構審查並取得確認函；如造成鐵路營運機構營運虧損，亦應提出具體之補償或優惠措施。
另就張教授所提聯署暫緩審議，並開放報告及審查紀錄等訴求，說明如下：
一、交通部運輸研究所及鐵道局已分別辦理「鐵路立體化建設對交通及都市發展之影響分析」及「鐵路立體化評估報告」，並已檢討國內外案例，包含日本類似案例之法源門檻、國內大臺北鐵路立體化、員林鐵路高架等事前事後分析，相關建議並已逐步納入鐵路立體化審議機制，以使鐵路立體化建設投資能發揮最大效益。
二、地方改善鐵路平交道與周邊環境應不限於鐵路立體化，因此交通部臺鐵局現正研擬「鐵路站區立體連通廊道建設與毗鄰地區開發計畫審查作業要點」，後續可循該要點協助診斷地區交通問題，辦理改善平交道與周邊環境的合理替代方案。
三、針對公開所有可行性計畫研究報告與審查會議紀錄之建議，因受限於經費及資源，地方辦理可行性研究報告精細程度有限，其規劃內容尚屬初步評估結果，且於審議過程中，將持續依各審查意見進行修正調整，部分具機敏性之內容如遭不當使用，恐有礙後續報告修正，惟公開相關內容卻可揭櫫相關資訊以廣泛收集民意，使公共建設更符合民眾期待，交通部後續將持續研商可行性研究內容公開之可行性。
基於鐵路立體化之目的係為都市整體更新及再發展，因此「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」著重檢討計畫之必要性及整合性，後續交通部將落實審查機制，並將審查意見提供給行政院，以作為國家整體發展及推動策略之政策參考。