為符合機場設施使用者付費原則，並考量鄰近標竿機場已向轉機過境旅客收取相關費用，交通部表示將自今(112)年3月31日起向每位轉機過境旅客收取「轉機過境設施使用費」500元，將由航空公司隨機票代收，收取時間以開票日為準。轉機過境旅客如持有未含本費用之機票，應於辦理轉機過境報到手續時，向航空公司櫃檯補繳；如已繳納費用但未轉機過境者，亦得申請全額退還。因轉機過境旅客係以外國人士為主，收取本費用不致對國人產生影響。
本部王國材部長於111年11月7日立法院備詢時指示由桃園機場公司及民航局研議向轉機過境旅客收取相關費用。經桃園機場公司及民航局考量鄰近的日本成田、韓國仁川及新加坡樟宜等標竿機場已向轉機過境乘客收取相關費用，且近年受疫情影響，機場配合執行防疫措施，並運用疫情期間強化機場各項軟硬體設施，增加旅客服務及建設資本支出，爰規劃向轉機過境旅客收取「轉機過境設施使用費」，並已與航空公司完成前置作業準備工作。
交通部指出，目前向每位出境旅客收取的機場服務費係自58年起實施，以疫情前桃園國際機場108年旅客量約4,868萬人次，出境旅客約2,418萬人次，機場服務費年收入約106億元，並由桃園機場公司與觀光局收取各半。另以同年桃園國際機場轉機過境(指轉機出境，下同)旅客約296萬人次(約占6.1%)，其中約有8成來自東南亞往返美加地區，若以桃園國際機場108年轉機過境旅客量估算，「轉機過境設施使用費」1年可收取約15億元。
110年疫情嚴峻期間，桃園國際機場年旅客量僅約91萬人次，為108年運量的2%。隨邊境開放，各國航空運能、航點陸續恢復，目前桃園國際機場國際航線共可連結29個國家地區、63個航點，每週約1,400航班，較108年每週約近2,300航班，已恢復約6成，桃園國際機場1 至2月份旅客量為約409萬人次，已達108年同期旅客量的52%，運量已明顯復甦，預估112年旅客量應可超過2,000萬人次以上。參考108年轉機過境旅客比例預估，今年我國轉機過境旅客約可達120萬人次以上，其中桃園國際機場占比約99%。
交通部表示，在迎接運量復甦的後疫情時代，將持續積極推動桃園國際機場第三航廈、第三跑道及高雄國際機場新航廈建設等重大建設，提升旅客服務品質，並透過收取「轉機過境設施使用費」落實使用者付費原則，使機場有相對應之收入持續優化相關軟硬體設施設備，提供旅客更為安全、便捷的服務品質。