交通部與公路總局對生態議題極為重視，為瞭解工程施工對生態可能造成之影響，除了例行的環境監測，在蘇花改計畫施工及營運階段特別委託農委會特有生物研究中心執行動植物環境變遷比較及指標生物研究計畫。這項計畫在明年初蘇花改即將全線通車前有初步的成果，交通部林部長於108年12月17日辦理「蘇花改生態永續之路–當幸福工程遇上生物多樣性」論壇宣示：交通部過去強調經濟發展，逢山開道、遇水造橋，講的是人定勝天。但隨著環境劇烈變動、環保意識覺醒，讓我們學會謙卑，並肯定特生中心與公路人的努力。
有關媒體報導環境監測調查成果及指標生物研究計畫成果差異，環境監測，尤其是生態調查，能否反映實際的生態資源，與生態棲地特性、調查執行時間長短、採用之調查方法與儀器，以及投入之人力與資源等有關。
蘇花改工程於規劃及施工中所做之環境監測係依據行政院環境保護署所公告之「動物生態評估技術規範」及「開發行為環境影響評估作業準則」進行2年16次的生態調查，其調查範圍為路廊左右二側各500公尺。另公路總局委託特生中心執行包含動植物比較樣區，以台灣山羊、蝙蝠、猛禽等物種為研究標的之計畫，故路廊範圍500公尺外之棲地屬可調查之範圍（例如山羊、猛禽等活動領域較廣）；另外指標研究計畫自100年持續至111年，因蘇花改工程大多採用橋、隧構造，施工後環境復育良好，研究調查時間愈長，範圍愈廣，所得到的調查資料愈豐富，應屬於正常。
公路總局委託之環境監測調查生態內容與委託特生中心執行之研究計畫，皆以降低工程推動之生態影響為目標，相關成果運用於評估蘇花改工程所造成的生態影響，並藉以積極進行改善措施，即期望能夠降低蘇花改工程施工過程對當地生物多樣性的衝擊，並保有在未來完成後生態復育的潛力。